В общем, никаких особо нюансов не было, всё стандартно:
1) Устанавливается Proxmox на голое железо, настраивается программный RAID ZFS нужного уровня
2) Устанавливается шаблон LXC Debian 9
3) Через техническую поддержку заказываем установку Wialon на свой Linux
4) Был нюанс с таймаутами сервисов Wialon в nginx, по умолчанию, как я понял, там не подходящие для Wialon настройки, удалось решить через поддержку, хотя они заявляли, что, мол, nginx - это не наш продукт, мы его не поддерживаем. Но с другой стороны требования по таймаутам нигде не задокументированы и понять какие они должны быть возможно методом тыка. Есть же готовый ISO с Wialon, что мешает предоставить отдельно конфиги? Оставим это на совести разработчиков. Есть много других продуктов, которые просто предоставляют shell скрипт (некоторые с ansible), который в linux ставит необходимые пакеты и создает необходимые конфиги, без танцев с бубном.
Система проработала пока тестово 3 месяца с несколькими объектами, никаких проблем, будем теперь переносить на сервер группами по 20-50 объектов и наблюдать. Ну и параллельно подключать резервный сервер.