Здравствуйте.
При корректном обновлении подобных проблем не возникает.
Обращаем ваше внимание, что помимо выполнения инструкций по обновлению, размещенных в официальной документации для удобства клиентов, администратор должен контролировать результаты выполнения команд и установки обновлений, и устранять возникающие конфликты и ошибки.
Описанная ситуация с не доступностью сайтов может иметь различные причины.
В качестве первичной диагности, работу самого сервиса и проверку на наличие ошибок можно осуществить по trace.log сервиса wialon, проблемы с установкой обновлений - lcm.log
По веб части - убедитесь, что установлены пакеты node, nodejs, npm требуемых версий для вашей версии дистрибутива WL. Процесс nodejs от пользователя wialon должен быть активным. Если процесс рабочий, но сайты по прежнему не доступны - вероятнее всего проблема на уровне nginx, проверяйте конфигурацию и статус прокси-сервера.
Если вам требуется помощь в анализе и восстановления работоспособности сервиса - рекомендуем обращаться на support@gurtam.com с предоставление ssh доступа к серверу и к панели администратора WL.